青海底子薄弱，“大跃进”后，经济结构受损，马万里严格落实中央“调整、巩固、充实、提高”八字方针，尽力恢复青海国民经济。一九六六年，“十年特殊时期”骤然开始，马万里亦遭冲击。一九六七年一月，上海发生“一月风暴”，造反派夺权成功，全国掀起夺权风潮，青海省亦不例外。四十八岁的马万里被造反派夺权，不仅身心受迫害，且被下放至“五七干校”劳动。一九七一年，马万里重新复出，任青海省革委会副主任等职。其间，他顶住压力，尽力抓生产，减少“四人帮”所致损失。一九七九年，六十岁的马万里改任青海省副省长，兼青海民院的院长。严格贯彻中央干部政策，解放干部思想，配合省委迅速将工作重心转移至经济建设，为青海省改革开放奠定坚实基础。

一九八三年，六十四岁的马万里担任青海省委书记（当时设有第一书记）。一九八五年，马万里卸任领导岗位，进入青海省顾问委员会，任副主任。一九八八年，升任青海省顾委主任。马万里曾给我爸爸的书《哲理妙》思写前言，并题字儿。